Ограничение доступа к вложенным документам. Способы реализации?

Цитата:

Сообщение от Craz

Т.е. закрыть доступ к папкам полностью, даже не просмотр. Дать доступ какому-то абстрактному пользователю вроде "axaptaDoc"

В общем то вы все правильно написали.
Закрывается доступ всем кроме админов + учетной записи АОС-а. Далее пишется серверный код (примеры можете найти если покопаетесь чуть ключевое BinData loadFile saveFile и прочее) который перебрасывает файл с сервера на клиента, где и открывает.