Всем спасибо за помощь.
На данный момент пока мне так и не удалось найти причину по которой произошло расхождения Кол-во и ОстатокКол-во.
Пытаюсь проанализировать 339 и ТКО и найти причину.
Проанализируй номера операций в 32-й таблице. Они должны идти по порядку без пропусков. Если есть пропуски, значит удаляли операции.