2. Если речь идте об MS SQL, то физически репликация реализуется через триггера, которые "вешаются" на соответствующие таблицы. Но запуск синхронизации в Axapta при изменении структуры таблицы автоматически отключит все триггера. Т.е. по сути, выключит репликацию.
Это точно не про MS SQL
В нем репликация транзакций делается по журналу транзакций (с помощью Log Reader Agent).