Я так понимаю, речь идет об Ax2012. В "теории" альтернативный и первичные ключи имеют разную область применения.
Первичный ключ - это ключ, используемый для связки PK-FK. Т.е. ключ, обеспечивающий ссылочную целостность данных. Внутри самой базы данных. Как правило, на формах не отображается и пользователь его не видит.
Альтернативный ключ - это ключ, используемый для идентификации записи пользователем. Т.е. для поиска в различных формах и lookup.
Как правило, первичный ключ формируется автоматически и не несет в себе никакого "физического" смысла, понятного пользователю. Его можно только запомнить. Никаких ассоциаций у пользователя он не вызывает. А вот альтернативный ключ, с точки зрения пользователя, имеет некий "физический" смысл. Всегда можно сделать предположение о том, что же он в себе содержит по его "физическому" смыслу
Альтернативный ключ, как правило, значительно больше по размеру (в байтах), чем первичный ключ. Поскольку для связи с другими таблицами его значение надо записать как FK в этих самых "других" таблицах, то размер имеет существенное значение.
Кроме того, после создания записи, изменение первичного ключа крайне не приветствуется. А вот альтернативный ключ - это обычное поле справочника. Можно спокойно изменить в любой момент, как и любое другое поле справочника.
Да, разумеется, иногда размер альтернативного ключа может быть меньше размера первичного ключа. Но обычно это исключения. И в таких случаях следует все оставить "по стандарту". "Пусть безобразно, зато единообразно" (с)
Но! Это все "теория". На практике, по крайней мере в Ax2009, PrimaryIndex использовался именно как альтернативный. В Ax2009 связка PK-FK на уровне базы данных не поддерживалась. Не знаю, изменилось ли что-нибудь в Ax2012. На уровне базы данных Primary Key создается?