В свое время MS выпустила документ:
Outlook Synchronization in Microsoft Dynamics CRM 4.0. Документ популярно разжевывает процесс синхронизации и в частности говорит, что есть разница при нажатии кнопки "Отслеживать" в гриде и на карточке объекта непосредственно. Вполне возможно, что все работает правильно. Так же отслеживание может не работать, если, например, один и тот же e-mail адрес связан с несколькими объектами системы: и с организацией и с контактом. Так же рекомендую вам поставить последние обновления на клиент для Outlook: UR7 + UR10. В 7 апдейте была полностью переработана концепция синхронизации. Возможно с его установкой проблемы исчезнут. Направление поисков в настройках IE точно ложное. В данном случае используются другие механизмы.