Добрый вечер.
А что вы понимаете под скриптами? )
Код плагинов и воркфлоу я бы рекомендовал писать в Visual Studio 2010/2012.
Скрипты на JavaScript тоже можно писать в VisualStudio, но здесь мне не с чем сравнивать, т.к. всегда пользовался только этой средой разработки. Для моих нужд этого хватало.
Также рекомендую предварительно установить дополнение CRM Developer Toolkit (его можно найти в SDK) для VisualStudio, это облегчит разработку CRM-решений.
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/hh372957.aspx
http://community.dynamics.com/crm/b/...x#.UZfVH8q8NX8
Отчеты (reporting) пишу в VisualStudio либо в SQL Server Business Intelligence Development Studio.
Ну и SQL Server Management Studio никто не отменял, SQL-запросы удобнее писать именно там (ИМХО).