Я встречал такую проблему, у меня она появилась при переносе CRM 3.0 из одного домена в другой. У меня она была связана с
различными именами организации в старой инсталляции и в новой.
Решил следующим образом:
- Восстанавливаем две базы CRM (вы это уже сделали)
- Ставите RedeployTools для CRM
- Запускаете его, если у вас домен тот же( а судя по всему это так) делаете автоматический mapping пользователей. Указываете имя организации.
- После окончания работы RedeployTools, запускаете инсталляцию и указываете в ней существующую базу данных.
Ну а дальше если вам необходима выгрузка кастомизации делаете её как обычно через web-интерфейс.