Есть 2 варианта, какие вы можете использовать:
1. Создать отдельные решения, при помощи которых вы сможете перенести кастомизации частями:
- WebResources & OptionSets
- Custom Entities + Dependencies on Standard Entities (like custom view of standard entity used in the subgrid of custom entity form)
- Standard Entities
- Security Roles
- Dashboards & Reports
- Processes & Plugins & Custom Workflow Assemblies
- SiteMap & Application Ribbon
и перенести их в этом же порядке. По ходу дела могут вылезать зависимости, но я думаю, что вы с этим разберетесь. В результате - чистая среда со всеми кастомизациями.
2. Рестор базы из бекапа с последующим импортом и последующей вычисткой средством вашего выбора (Bulk Delete, SSIS, прямые T-SQL запросы в базу).
В онлайн есть возможность создавать реплику, которая содержит только кастомизации, но в онпреме я такой возможности не припомню.