Только IlMerge, только хардкор.
Парктически все проекты, с которыми работаю - облако, так что GAC и файловая система - недоступны.
Можете поделиться - в чём проблема с log4net и мёржем? Я буквально на той неделе работал с
FileHelpers библиотекой - проблем не выявлено.