На такой вопрос вообще нет и не может быть ответа. Во всём есть свои сложности, и своя простота, дело только в расставленных акцентах. Невозможно сказать, что более круто а что нет. Нужно вообще рассматривать каждую конкретную модификацию отдельно, чтобы понять - круто это или нет, независимо от того, отдельный это модуль или модификация стандартного.
- Сложность серьезных модификаций на основе существующих модулей - в доскональном знании их архитектуры, в знании стандартного (а значит - чужого) кода и способов его правильного использования (что для чужого кода всегда сложно, особенно в условиях тотального отсутствия документации от разработчиков и архитекторов системы).
- Сложность написания собственных модулей, не базирующихся на стандартном функционале - в доскональном и полном понимании бизнес-процессов, для которых разрабатывается этот функционал, и как этот функционал нужно правильно связать со стандартным (если это нужно, а бывает что и не нужно вообще).