[Артем Enot Грунин]

Насколько мне известно, проблему обойти невозможно (малой кровью, по крайней мере). Если "базовая сборка" не содержит базовых (родительских) типов, а только хелперы или утилиты, то ее можно загружать по рефлексии и тогда обновление должно происходить без проблем. Для отладки такой метод вполне подходит, но перед развертыванием сборку все равно придется переделывать, что снова породит отладку.
Я думаю проще завести тестовый сервер и безнаказанно его перезагружать так часто, как это требуется.