Возможно, причина в эскалациях блокировок? Памяти на сервере достаточно?
Вообще то маловато информации для нормального ответа.
PS А вообще вы смелые ребята, раз применяете на промышленной базе REPAIR_ALLOW_DATA_LOSS
Логическая целостность базы не смущает?